Après la destruction de leur récif familial par une pêcherie, Jake et Shorty, deux amis poissons jeunes, accompagnés d'Indigo, la sœur de Shorty, se lancent dans une quête pour découvrir un légendaire récif corallien qui n'a jamais été repéré par les humains. Le trio entreprend ainsi un périple aventureux où ils apprendront à affronter leurs peurs, à renforcer leur amitié et à protéger l'ultime refuge de la mer sous-marine